制药净化工程设计中的净化空调系统，其造价、运行能耗较普通空调系统都高很多。因医药行业的特殊性，导致医药工业厂房中产成品的品质要求往往也非常严格。系统设计中容易出现的一些问题，会对其运行的稳定性、经济性及产品质量产生长期的不利影响。在许多制药净化工程设计工程中，发现某些工程在系统设计、设备选型、安装等方面存在不少问题，在此武汉制药净化工程就这些问题进行分析并提出一些解决方法。
制药净化工程的净化空调系统的特点是送风需经初、中、高能效三个等级过滤，且根据洁净度级别的不同，送风量应达到相应的换气次数下限。随着使用时间的延长，三个等级的过滤器阻力会逐渐增加。一般其阻力值达到初阻力两倍时，应对过滤器进行清洗或更换。但随着阻力的增加，系统风量会不断下降。因而在设计系统风量、风压时，应满足系统终阻力下的特别低换气次数要求。
目前有些净化空调工程设计的风压按过滤器初阻力设计，而风量按规范下限选取。这种设计虽然设备容量小、初投资少，净化空调糸统与舒服空调糸统混用的问题净化空调系统末端的空气处理设备是高能效过滤器。而普通舒服或工艺空调进风末端设备是散流器或百叶风口，额定工况下阻力一般小于60Pa。目前，有些工程中在净化空调系统送风管上分出支管，向非净化区送风。